Emily Watson s-a născut pe 14 ianuarie 1967 în Londra. Mama ei era profesoară, iar tatăl arhitect. A studiat la Drama Studio London unde, pe lângă studiile de actorie, și-a luat și doctoratul în limba engleză. Pe soțul ei, Jack Waters, l-a cunoscut în 1995.
Debutul pe marile ecrane, "Breaking the Waves" în regia lui Lars von Trier din 1996, i-a adus nu doar faimă, dar și aprecieri unanime din partea publicului și a criticilor. A și fost nominalizată la Oscar pentru rolul respectiv. Au urmat apoi "Hilary and Jackie", "Gosford Park", "Red Dragon", "Equilibrium" și "Synecdoche, New York".
A primit rolul din "Breaking the Waves" după ce Helena Bonham Carter a renunțat în ultimul moment, e fană înrăită Arsenal, a renunțat să mai joace în "Amelie" a lui Jeunet din motive personale.