Emily Watson s-a născut pe 14 ianuarie 1967 în Londra. Mama ei era profesoară, iar tatăl arhitect. A studiat la Drama Studio London unde, pe lângă studiile de actorie, și-a luat și doctoratul în limba engleză. Pe soțul ei, Jack Waters, l-a cunoscut în 1995.
Debutul pe marile ecrane, Breaking the Waves în regia lui Lars von Trier din 1996, i-a adus nu doar faimă, dar și aprecieri unanime din partea publicului și a criticilor. A și fost nominalizată la Oscar pentru rolul respectiv. Au urmat apoi Hilary and Jackie, Gosford Park, Red Dragon, Equilibrium și Synecdoche, New York.
A primit rolul din Breaking the Waves după ce Helena Bonham Carter a renunțat în ultimul moment, e fană înrăită Arsenal, a renunțat să mai joace în Amelie a lui Jeunet din motive personale.